本发明公开一种田鼠巴贝虫2D41抗原蛋白及其应用，其氨基酸序列如SEQ ID NO：8所示，其编码基因序列如SEQ ID NO：7所示。该田鼠巴贝虫2D41抗原蛋白在特异性IgG抗体反应中与14dpi～270dpi的鼠血清有持续高免疫反应，在免疫保护性试验中表现出明显降低虫血症的效果，相比佐剂组和自然免疫组虫血症均值下降35％左右。该2D41抗原蛋白既可用于检测或诊断田鼠巴贝虫病，还可用于制备降低虫血症的治疗和/或预防的药物。