本发明提供了一种基于InDel分子标记鉴定辣椒雄性不育三系配套杂交种真实性和纯度的方法。其方法为：将辣椒杂交种和亲本培育至芽苗期，提取DNA，应用核心引物对杂交种和亲本进行筛选，只有共显性标记的引物可以作为该杂交种真实性鉴定的分子标记。若辣椒杂交种和亲本在核心引物库中无法筛选出共显性标记，则结合次级核心引物库中继续筛选，直至筛选出共显性标记。本发明建立的快速、同时鉴定辣椒雄性不育三系配套杂交种真实性和纯度的体系，可实现不受时间和季节的限制，对杂交种的真实性和纯度进行室内快速鉴定。对辣椒雄性不育三系配套杂交种品种保护和杂交种子市场监管提供分子生物学依据。