本发明公开了一种深水浅层天然气水合物开采的主辅井结构及其方法，其中的深水浅层天然气水合物开采的主辅井结构包括设置于海底泥线以下的直井主井眼、至少一个水平井辅井眼以及至少一个主井与辅井对接井眼，所述直井主井眼包括主井一开井眼和主井二开井眼，所述主井一开井眼的下部与所述主井二开井眼的上部连通，所述主井一开井眼的横截面的直径大于主井二开井眼的横截面的直径；所述水平井辅井眼包括辅井一开井眼和至少一个辅井二开井眼，所述辅井一开井眼的下端分别与所述辅井二开井眼的一端连通；所述主井与辅井对接井眼的一端与所述辅井一开井眼连通，另一端与所述主井二开井眼连通；所述辅井二开井眼位于天然气水合物储层。