本发明提供了一种火电燃煤企业外部性补偿的选择装置和方法，包括：根据燃煤企业上年度发电量数值，计算购买绿色证书总费用数值；根据燃煤企业上年度发电量数值，计算缴纳排污费总费用数值；计算购买绿色证书总费用数值和缴纳排污费总费用数值的差值；如果结果等于小于零，企业应当选择购买绿色证书；如果结果大于零，企业应当选择缴纳排污费。运用本发明的方法，将可再生能源补贴与排污费、绿色证书有机联系起来，能有效促进可再生能源的发展，控制污染排放水平，增强电力市场的竞争力。