本发明涉及合成生物学领域，特别涉及酿酒酵母染色体数目变异的产生方法。本发明利用酿酒酵母基因组重排的特性，通过诱导酿酒酵母环形染色体的基因组重排，获得染色体数目变异的非整倍体酿酒酵母菌株、实现酿酒酵母环形染色体拷贝数连续变异、获得染色体结构变异酿酒酵母菌株、获得表型连续进化酿酒酵母菌株，并揭示结构变异与表型增强的关联。本发明利用染色体重排的方法实现酿酒酵母染色体数目、拷贝数和结构变异、揭示结构变异，为非整倍体酿酒酵母菌株获得和染色体结构变异与功能关系研究提供了一种全新的研究手段。