本发明公开了一种深水钻井井控管理方法，包括以下步骤：S1、测量阻流、压井管线的压耗；S2、硬关井；S3、悬挂钻具；S4、开泵；S5、消除呼吸效应：通过环空泄压，观察套压稳定，排除呼吸效应；S6、压井；S7、溢流检查：待钻井液循环均匀后，停泵，检查溢流，如正常，转入下步作业。本发明主要针对深水井钻进时发生溢流而提出的一种井控管理方法，与以往井控管理方法相比，在测量阻流、压井管线压耗时降低了钻井液粘度，可以避免后续过程中再降粘度重新求取压耗；采用环空泄压的方法消除“呼吸效应”，有利于更加准确的掌握地层和井筒的信息，提高井控参数的精度，提高现场作业安全；本发明方法简单，操作方便，可在石油深水钻井领域广泛应用。