本发明公开一种用于深水作业水合物抑制的水下树安全系统，包括：抑制剂注入点，其沿水下树轴向等间距设置在水下树之间；第一注入阀，其设置在所述抑制剂注入点处，用于注入热力学抑制剂；第二注入阀，其设置在所述抑制剂注入点处，用于注入动力学抑制剂；绞车，其与所述水下树连接，用于控制所述水下树沿井下管柱轴向运动，使得所述抑制剂注入点覆盖整个井下管柱。能够对水下管柱进行多点监测，达到高效的水合物抑制。本发明还公开一种用于深水作业水合物抑制的水下树安全抑制方法，基于BP神经网络确定第一注入阀和第二注入发的开启以及抑制剂的加入深度，还能控制热力学抑制剂和动力学抑制剂的加入量，有效抑制水合物的形成。