本发明涉及一种测定气相分子位点间距离的方法。该方法包括以下步骤：反应物正离子通过ESI正模式离子化，在LIT中采用全扫描模式检测正离子；反应物负离子通过ESI负模式离子化，在LIT中采用全扫描模式检测负离子；正、负离子选择性传输进入LIT进行反应，反应时间1‑1000ms，采用质量分析器检测反应产物，以此确定反应是否发生；再次进行反应，并选择共价修饰离子进行串级质谱分析，用于鉴别反应活性位点；计算获得底物能量最低构象，在此基础上测量出反应活性位点与互作位点之间距离，由此得出大分子的两位点间距。气相离子/离子反应方法反应速度快、易于控制以及高效反应位点分析，及时检测反应中间体的功能也有利于反应机理的研究。