一种附有独立卫生间的箱式集成房屋及其施工方法，附有独立卫生间的箱式集成房屋为两层或三层，包括箱体和设在箱体内的独立卫生间，所述独立卫生间设在靠近门口的角部。所述独立卫生间内墙角位置设有上下贯通箱体的管道井，所述管道井内设有上下贯通箱体的给水立管和排水立管，所述独立卫生间内还设有洗手池、坐便器及淋雨设备，并通过给水支管和排水支管与给水立管和排水立管连通。相邻两层箱体之间的屋面板的上、下表面对应设有一对嵌板、且四周通过铆钉与屋面板固定、并打设防水胶。本发明解决现有箱式集成房屋管线侧排外露，且易损坏老化，使用寿命短及管线空间布置不合理的问题。