为了解决现有无人机海上着陆时可能会损坏机体部件的问题，本发明提供一种能够有效地消除对无人机造成损坏的可能性的无人机海上着陆的船载控制系统。本发明根据采集的无人机图像信息、捕捉装置与无人机的距离信息和船舶的摇晃参数信息，确定无人机的位置、无人机最小跟踪距离和预测出的瞄准点的位置，对无人机的轨迹进行修正，保障高精度地引导无人机飞向捕捉装置，进而与捕捉装置上的瞄准点对接，捕捉装置对无人机进行捕捉，实现制动、海上着落，能够有效地消除对无人机造成损坏的可能性。