本发明提供了一种基于申威平台的PCIE总线测速系统及方法，包括待测PCIE总线、申威平台和用于接收申威平台发送的测试数据以及用于记录并反馈当前次测试数据传输所用时间长度t的FPGA测速板卡；申威平台处理器的PCIE总线连有PCIE扩展模块，PCIE扩展模块通过待测PCIE总线与所述的FPGA测速板卡相连；申威平台内置有用于与FPGA测速板卡配合使用用于检测上述待测PCIE总线的传输速率的测速软件单元。该发明用于检测PCIE总线的传输速率，实现了基于申威平台对PCIE总线的测速，弥补了国产化计算机等自主领域尤其是在申威平台上实现PCIE总线测速的空白。