本发明公开一种多堆燃料电池发电系统的协调优化控制方法，建立多堆燃料电池系统拓扑结构，然后理论计算单堆燃料电池系统效率，通过单堆系统效率随输出功率变化关系，分析多堆并联拓扑结构下的整体系统效率，建立多堆燃料电池发电系统整体效率及负载功率约束关系；再根据实际测试数据，绘出实际单堆系统效率随输出功率变化曲线，通过对多堆燃料电池系统的功率自适应分配控制方法，将负载所需功率合理分配给各个电堆，以系统整体效率最优为评价指标，保证多堆燃料电池系统以最优的效率稳定运行。