本发明提供了一种加密通信方法、装置及系统，应用于服务端的方法包括：当接收到终端设备发送的通信请求时，根据通信请求中的终端设备标识获取终端设备的设备信息；根据设备信息，对终端设备进行身份校验，以确定终端设备是否为认证设备；如果是，生成终端设备对应的设备编号、RSA密钥对和加密版本号；其中，RSA密钥对包括公钥和私钥；将终端设备对应的设备编号、公钥和加密版本号发送至终端设备，以使终端设备生成加密数据包；当接收到终端设备发送的加密数据包时，根据加密数据包的包头信息查找与加密数据包对应的私钥；通过加密数据包对应的私钥对加密数据包进行解密，得到通信数据包。本发明有效地提升了数据通信的安全性。