本发明公开了茶树四重荧光SSR分子标记检测方法，通过引物组合、降落PCR、毛细管荧光电泳等技术的组合，建立了一套茶树四重SSR分子标记检测方法，本方法不仅可以提高茶树SSR分子标记研究效率和准确性，而且可以节约劳力。而目前的茶树SSR分子标记检测主要采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，存在分辨率低、误差大、效率低等不足，本发明提供的四重SSR分子标记检测方法，该方法一次可以完成4对SSR引物的检测。同时，免去了引物退火温度筛选、人工跑胶、人工读带等不足，不仅大大提高了工作效率，而且简便、迅速、准确，方法稳定、重复性好，可进行茶树品种鉴别、指纹图谱构建、群体遗传结构和遗传分化等研究。