本发明涉及一种基于Petri网的FPGA系统的验证模型建模方法，主要解决了现有模型对数据不分类、无法具体描述FPGA系统功能的缺点。其实验方案是：步骤一，以moudle为粒度，获取FPGA程序的输入\输出变量、模块间的连接变量、时钟变量以及拓扑结构，并保存；步骤二，区分模块间连接变量具体分类为控制流变量、数据流变量两类，计算并保存所有变量的位宽度；步骤三，计算每个模块所有的输入状态，并通过信号仿真得到其对应的输出状态和对时钟的消耗；步骤四，将普通三元组Petri网模型改进为十元组Petri模型，将前三步获得的信息分别注入对应网元素，得到FPGA系统的基于Petri网模型的验证模型。据此为FPGA系统的可靠性评估提供一种全新的形式化建模方法。