本发明公开了一种集输管道分段清管系统及方法，系统包括沿集输干线设置的至少一个中间清管系统；所述中间清管系统包括干线清管器停留/发送系统、大旁通系统、清管器指示系统和逻辑控制系统。与现有技术相比，本发明的积极效果是：本发明基于积液及段塞负荷工艺分析，采用分段清管的模式进行管道段塞流消化；通过逆序清管，最大限度利用下游先行清管后管道的容积实现上游来液接收，降低末点段塞流负荷，避免扩建大型段塞流捕集器；清管系统结构简单，相比增加常规清管站，此方案可省去清管器收球筒、发球筒及附属设施，在大口径、高压力的管道工程项目中具有优势。