本发明提供一种基于BWT的协议字段逆向分析系统及方法，构建了特定的后缀索引，从而使特定的子字符串匹配在每次比对过程中只需要完整一次，并且基于后缀索引的比对算法设计灵活性大，索引阶段空间消耗较少，子序列长度或可变，能够快速识别协议字段。本发明在识别固定字段后，通过随机多流多段匹配的方法，统计高频率出现的字段，并依据字段位置和字段数量构建文法树，提取字段结构，从而实现字段格式的逆向。本发明对于逆向的字段进行分类后，作为模糊测试工具的输入，向目标通信实体发送大量畸形测试用例，同时结合调试器和嗅探器对目标通信实体进行异常监控，发现异常并分析异常，以便后续提高目标通信实体的安全性。