本发明涉及一种基于电力电子变压器的多点分散式配电系统运行策略，属于微电网并网协同运行技术领域。本方法在整个配电系统稳态运行时，首先在调度中心进行优化计算得出配电系统可控单元调度方法，然后利用电力电子变压器低压侧电压单独可调的特性控制直流微电网中各分布式单元调整出力功率，实现风光储互补优化运行以及对配电网进行削峰填谷。同时利用电力电子变压器压交流侧功率因数可调的特性，实时控制交流配电网的潮流，实现配电网潮流优化。本发明的方法结构简单、层次分明且易于实现，可以节约硬件通讯成本和简化系统控制，充分发挥电力电子变压器在多个直流微电网并网的配电系统运行中所起到的作用，该方法具有广泛的适应性和可扩展性。