本发明公开了一种研究界面效应对DNA二维折纸结构稳定性影响的方法，包括DNA三角折纸结构的合成，界面上和溶液中环境因素的改变，具体涉及到改变界面上和溶液中DNA折纸结构所处环境的pH，Mg2+浓度，温度和紫外照射并观察其形貌结构的变化的方法。本发明基于扫描探针显微镜的观察简单易操作，形貌清晰，适用于研究界面效应对多种二维纳米材料的影响。使用云母片构建界面，易于实现，且可探究的因素多，移植性强；本发明方法适用于探究界面效应对多种二维平面材料的影响。