本发明公开了基于高通量测序技术鉴定鱼卵仔稚鱼的方法，野外采集鱼卵仔稚鱼样品，现场保存于95％的酒精当中；使用DNeasy Blood&Tissue Kit试剂盒提取样品基因组DNA；采用Cytb通用引物对上述基因组DNA进行PCR扩增；对PCR扩增产物进行高通量测序；将获得的基因序列进行序列筛选、比对，通过经高通量基因测序平台产生的序列与公共数据库NCBI中序列进行对比，根据基因序列相似指数判断鱼卵仔稚鱼物种归属，整个方法过程不需对每个样品提取DNA、PCR扩增和测序，相比传统耗时耗力的单一物种鉴定，高通量方法能在短时间内对大量复合样本进行物种鉴定，既省时又省力。