本发明提供一种交流励磁系统变流器多模块并联的控制方法和系统，控制方法包括如下步骤：当发电机组处于空载励磁状态时，采用统一控制方式向变流器中各功率模块发送相同的控制信号；当发电机组定子处于并网状态时，采用独立控制方式根据各变流器的控制需求分别向变流器中各功率模块发送相应的控制信号。本发明所提供的技术方案，当发电机组处于空载励磁状态时，采用统一控制的方式控制变流器的各功率模块，统一控制方式在电感值较小的情况下能够快速使定子电压达到稳态；当处于并网状态时采用独立控制方式，独立控制方式能够减少并联模块之间差异造成的影响，从而解决变流器均流效果差的问题。