本发明提供了一种船载式藻水分离装置，包括船体，设置在船体上的蓝藻富集汲取单元、溶药单元、溶气发生单元、气浮藻水分离单元、藻渣脱水单元、发电机单元、电气控制单元。本发明提供的船载式藻水分离装置，通过在船体上设置蓝藻富集汲取单元、溶药单元、溶气发生单元、气浮藻水分离单元、藻渣脱水单元，从而可在船体上完成蓝藻打捞、藻水分离以及藻渣脱水全过程，提高了除藻效率，且船体可以随时开赴蓝藻水华区域开展蓝藻治理工作，机动灵活，降低了水体净化成本，提高了对不同地域的适应性。