本发明公开了一种数字微流控生物芯片计算机辅助设计布局的时间优化方法，包含如下步骤：建立优先约束、资源约束、重叠约束、流体约束四个约束条件的模型；建立连锁生物化学反应在数字微流控生物芯片上完成总时间的目标模型；基于马尔可夫决策，根据所述四个约束条件的模型求解所述完成时间的目标模型的最优解；根据所述最优解，控制数字微流控生物芯片上生物化学反应的实现过程。本发明能够将数字微流控生物芯片中的生物化学反应的时间将至最低，还具有低成本、高精度和高效率的优点。