本发明公开了高比例风电并网的连锁故障风险评估方法及系统，包括：根据风电预测误差历史数据建立风电预测误差模型，得到风电出力分布；选取初始故障集；初始故障集的某一故障发生，开始事故链搜索：判断电力系统是否解列，若解列，进行孤岛平衡并停止当前事故链搜索；若电力系统未解列，则进行随机潮流计算，若潮流计算结果不收敛概率大于设定值，进行切负荷控制，根据以上生成的事故链集合，计算电力系统失负荷损失风险指标和线路重要度指标。本发明提供的技术方案在事故链演化过程中充分考虑风电不确定带来的影响，对系统的风险评估更为全面，适用于高比例风电并网的背景。