本发明公开了一种降解高浓度高氯酸盐废水的ABR系统，包括：反应器；和多个折流板，竖直设置在所述反应器内，多个所述折流板将所述反应器分隔为多个串联的格室，每个格室包括下流室和上流室；多个所述格室沿水流推进方向分为异养区和自养区；所述异养区的上流室内分别填充污泥床，下流室分别设置进水管、形成分段进水的结构；所述自养区的上流室内分别填充硫磺颗粒及石英砂形成的双层填料。本申请ABR系统对于碳氯比不协调的高氯酸盐废水的处理具有明显的优势。