本发明公开了一种视频隐私数据保护系统及方法，系统包括视频采集模块、视频编码分隔模块、随机加密模块、选择加密模块、视频播放模块、解密模块；视频采集模块将采集到的视频数据传送给视频存储模块；视频存储模将视频采集模块采集的内容传送给视频编码分隔模块；视频编码分隔模块将接收到的原始视频数据进行编码，同时使用公钥加密技术对选取的对称密钥进行加密T2；将段视频的索引值T1、T2作为该段加密视频的头信息，一起上传至云服务器；视频播放模块从云服务器上下载加密数据，传送给解密模块解密后得出编码的视频数据，进行解码得出原始视频数据。本发明对每帧加密数据具有随机性，既能保证安全性，又提高了效率。