本发明公开了一种人参稀有皂苷Rg3的生物转化方法，包括：(1)将人参进行提取得到人参总皂苷提取液；(2)向人参总皂苷提取液中加入β-葡萄糖苷酶BglPm，a-L-阿拉伯呋喃糖酶Abf22-3，β-葡萄糖苷酶Bgp1或a-L-阿拉伯吡喃糖苷酶Bgp2中的任何一种或多种进行生物转化，得到含有人参稀有皂苷Rg3的转化产物。本发明通过向人参总皂苷提取液中加入β-葡萄糖苷酶，a-L-阿拉伯呋喃糖酶，β-葡萄糖苷酶或a-L-阿拉伯吡喃糖苷酶中的任何一种或多种酶进行生物转化，显著提高了人参稀有皂苷Rg3的转化效率，本发明生物转化方法对于环境友好、转化效率高、适合规模化生产应用。