本发明公开了一种新能源发电有功功率平滑控制方法、系统及存储介质，所述方法包括步骤：获取区域电网内所有新能源场站的总发电有功功率及新能源储能系统的额定功率；根据新能源发电的有功功率平滑目标、新能源场站的总发电有功功率计算有功功率平滑目标偏差；根据有功功率平滑目标偏差、新能源储能系统的额定功率，确定能够满足新能源发电有功功率平滑控制需求的新能源储能系统控制目标；根据确定的新能源储能系统控制目标对新能源有功功率进行平滑控制。本发明能够实现新能源场站间有功波动的互补和抵消，有效降低新能源有功波动、减少新能源场站并网配套建设成本。