本发明涉及一种高效育苗基质填充机，属于农林机械设施技术领域。该机由按序安置在间歇输送链上方的叠摞苗盆自动分离装置和搅拌装填装置以及传动装置组成。叠摞苗盆自动分离装置包括与支架构成左右移动副的活动框架组；支架左、右两侧中部的左、右托板之一通过伸缩调定机构安装在支架上；活动框架组的前、后支杆内侧分别装有撑板和压板，撑板高于压板，且撑板上表面至压板下表面的距离大于等于叠摞苗盆盆沿间隙。搅拌装填装置包括底部具有落料口的容料斗以及位于容料斗内的绞龙。传动装置包括输送链间歇送进传动机构、活动框架组往复运动机构以及绞龙旋转驱动机构。本发明可以完成苗盆的不断自动分离、连续填充，效率高、适用范围广、稳定可靠。