本发明涉及一种自动分拣及装箱系统及其作业方法，进行作业时，控制装置向其中一个包装盒输送装置发出控制指令使该包装箱控制装置通过排料口向第一传送带上排出一个包装盒，第一传送带带动包装盒向其下游移动；当包装盒移动至第一传送带的下游端时，控制装置控制拨料机构将该包装箱从第一传送带的下游端拨至第二传送带的上游端；当包装盒移动至第二传送带的下游端时，控制装置控制装箱机构将包装盒从第二传送带的下游端拨入周转箱内。这样，不同的包装盒输送装置可以向第一传送带上排出不同规品的包装盒，并通过第一传送带、第二传送带最终装入周转箱。所以，本发明的一种自动分拣及装箱系统能够方便地对多种包装盒进行分拣和配送。