本发明提供一种全自动骨盆肿瘤分割方法及系统、存储介质及终端，包括以下步骤：对脑膜瘤图像集中的图像进行预处理和数据扩增，得到脑膜瘤训练数据；基于所述脑膜瘤训练数据训练U-net全卷积神经网络；对骨盆肿瘤图像集中的绘制有肿瘤边界金标准的骨盆肿瘤图像进行预处理和数据扩增，得到骨盆肿瘤训练数据；基于所述骨盆肿瘤训练数据对训练得到的U-net全卷积神经网络进行微调，得到最优U-net全卷积神经网络；将采集到的骨盆肿瘤图像输入所述最优U-net全卷积神经网络，获取骨盆肿瘤分割结果。本发明的全自动骨盆肿瘤分割方法及系统、存储介质及终端通过迁移学习的U-net全卷积神经网络来实现全自动的骨盆肿瘤分割，从而大幅提高医工交互效率和骨盆肿瘤分割的精确度。