本发明公开了一种马大相思自然杂交种苗的筛选方法，将购买杂交相思商品种子或选择5年生以上马占相思与大叶相思混交林采收种子经浸泡后，播种培育成容器袋苗；当相思种苗的苗高≥1.5米、地径≥0.6厘米时，按叶片特征法和苗干特征法进行马大杂交相思种苗的选择，分单株标记；凡是叶形奇特或为披针形且叶的长宽比＞3.5～＜5.5者为马大杂交相思种苗；马大杂交相思的典型特征有：苗干颜色为浅红色、紫色、赤色或红褐色，叶片形态非弯镰形且苗干的皮层被白灰，基部长有突刺或气根。