本发明公开了一种提高工厂化养殖日本囊对虾存活率的方法，属于日本囊对虾工厂化养殖的技术领域，上述方法包括：(1)车间处理：用黑色遮阳网或黑色塑料布将整个车间覆盖；(2)养殖池处理：向第一养殖池和第二养殖池中分别注水并加入高浓度的二氧化氯进行浸泡、消毒处理，然后在第二养殖池底铺上厚度为5-10cm的细沙；(3)虾苗投放：向第一养殖池中注水，然后投放体长0.5-0.7cm的虾苗；在虾苗体长至2.5-3cm时，将虾苗转移至第二养殖池中；(4)在虾苗体长至4.0-4.5cm时，调整第二养殖池中水体高度、每天的换水量、投饵种类和投饵比重；(5)适时捕捞。本发明方法能有效提高日本囊对虾的存活率，增加经济效益。