本发明公开了一种微流控芯片注塑模具模芯的复合加工方法，该微流控芯片注塑模具模芯由精密铣削磨削加工宏观尺寸结构和微细电解加工微观结构两个步骤组成：(1)对于结构尺度尺寸在1-100mm的宏观结构，采用精密铣刀进行铣削加工，再通过磨削进行初步的精密加工；(2)对于结构尺度尺寸在50-1000μm的微观结构，其为具有微凸起结构、微凹槽结构以及微三维结构等具有不同特征的微观结构。采用具有侧壁绝缘层的旋转微细电极，配以酸性电解液，通以高频超短脉冲电源，对微观结构进行逐层铣削的电解加工，以同步实现三维微观结构加工和表面抛光。本发明可以实现具有复杂三维微观结构的微流控芯片模芯的制造，为小批量、多品种的微流控芯片的快速原型制造提供了实现方案。