本发明公开了一种滤芯结构及水处理系统以及该水处理系统的控制方法，该滤芯结构包括外壳，所述外壳包括一端封闭另一端开口的滤瓶以及设置在所述滤瓶的开口端的端部结构，所述外壳内部设置有分隔结构，所述分隔结构将所述外壳内部分隔成第一腔室、第二腔室和第三腔室，每个腔室内均设置有过滤结构，在所述滤瓶的径向上，所述第三腔室位于所述滤瓶的中部，所述第一腔室和所述第二腔室位于所述第三腔室的径向外侧。在该滤芯结构中，当第一腔室作为制水腔时，第二腔室可以作为冲洗腔，且制水腔和冲洗腔可以互换，结构简单合理，易于清洗。