本发明公开了一种有机物协同微生物处理含三价砷废水的方法，包括：向含三价砷的待处理废水中加入富含多肽和氨基酸的有机物，同时加入亚铁盐和处于生长对数期的铁氧化菌，调节pH值和反应温度后，混合反应，静置后分离沉淀，即得。本发明通过微生物氧化亚铁，Fe2+氧化后直接与As3+反应，生成图水羟砷铁矾，微生物及有机物在生物矿化过程中起到重要的调控作用，加入0.10％酵母提取物或1.00％蛋白胨，可使图水羟砷铁矾稳定性提升40-50％；本发明的原料易得，操作简单，处理成本低，除砷率高，应用前景广阔。