本发明提供了一种从含叶黄素二酯的植物油树脂中提取分离叶黄素晶体的方法，所述方法包括如下步骤：a)将脂肪酶溶解于去离子水中形成酶溶液；b)将叶黄素浸膏溶解于含去离子水的醇溶剂中形成均一的醇溶液；c)向醇溶液中加入所述酶溶液进行水解反应，搅拌以得到叶黄素溶液；d)将叶黄素溶液进行过滤、压滤分离，以得到结晶；e)将所述结晶重新溶解于有机溶剂中，用去离子水洗涤水溶性杂质；f)回收有机溶剂，降温，以得到重结晶；以及g)将重结晶进行分离，再进行干燥以得到叶黄素晶体。本发明专一性较强，反应时间较短，不产生任何废水，工艺绿色环保，并且得到的叶黄素晶体纯度高，收率高，适于工业化生产。