本发明公开一种油浸式换流变压器冷却系统控制方法及控制系统。本发明根据顶层油温或当前负荷确定是否需要启动冷却器，当需要启动冷却器时，进一步根据谐波含量确定启动的冷却器的循环油泵电机的转速和冷却风扇电机的转速。可见，本发明根据换流变压器运行时的谐波含量大小来确定冷却器的启动数量，并基于谐波含量实时控制循环油泵和冷却风扇的运行速度，充分考虑了谐波成分严重时换流变压器的热点温度分布差异较大的情况，对换流变压器的温升实现了可靠有效的控制，能够保证换流变压器的安全稳定运行，具有良好的现场检测效果与工程实用价值。