本发明公开了一种基于杂交水稻算法优化的模糊C均值聚类方法及系统，方法包括：初始化该优化算法参数，预处理待聚类的数据集；构建目标函数，即对可行解的评价函数；对目标函数进行最优值求解，得到最优值并确定对应的最优初始聚类中心；根据最优初始聚类中心进行模糊C均值聚类，最终得到聚类结果。系统包括初始化模块、编码模块、适用度值计算模块、最优值计算模块、最优初始聚类中心计算模块、模糊C均值聚类模块、输出模块；采用本发明对模糊C均值聚类进行基于杂交水稻算法的初始聚类中心优化，解决了模糊聚类效果极易受随机初始聚类中心的影响。