本发明公开了一种亚麻油改性水性苯并噁嗪树脂及其制备方法，由甲醛，乙二胺，双酚A，硅烷偶联剂，亚麻油，水性功能单体物质六种成分制备而成，所述的甲醛，乙二胺，双酚A，硅烷偶联剂，亚麻油，水性功能单体物质的量的比例为:6:(1‑2)：(0.5‑3):(0‑2):(0‑3):(1‑4)。本发明在制备过程中，以水为分散介质，无有毒溶剂，制备过程环保、无污染，所制备的亚麻油改性的水性苯并噁嗪树脂具有良好的水溶性，在使用过程中无需添加有机溶剂，可以应用于水性体系，健康环保。