本发明公开了一种基于最优多水深假设抗差曲面的多波束测深数据处理方法，主要包括基于典型水深特征的抗差曲面关键参数组联合优选和基于最优抗差曲面的多波束测深数据自动滤波及成果输出两大步骤。通过典型水深数据选取、基准水深数据集生成、关键参数组设置、抗差曲面试验组生成、试验数据集生成和综合对比分析，完成抗差曲面关键参数组的联合优选；将优选后的参数应用到需处理的原始多波束水深数据集，生成最优抗差曲面并进行自动滤波，最终以三类水深成果数据的形式进行输出，完成多波束数据的高效、自动、精细处理。经实测多波束测深数据测试，该方法显著提升了数据自动处理的效率和精度。该方法在海洋测绘、海洋信息科学和海底科学等方面具有重要的实际应用价值。