本发明提供了一种育种实生苗的管理方法，属于果树育种技术领域，包括以下步骤：1)在苗圃中双行密植实生苗；2)在所述实生苗定植后的第一年进行冬剪，所述冬剪包括：将长度≥5cm的侧枝在4～12cm处短截；所述冬剪的时间为实生苗落叶后至萌芽前；3)所述实生苗定植第二年，对萌发的侧枝进行冬剪，所述修剪包括剪除直立的和重叠的枝条，保留斜生、水平生和下垂的枝条，并继续将长度≥5cm的侧枝在4～12cm处短截；4)以后各年，均如3)步骤，仅对侧枝进行冬剪。所述管理方法能够减少每株实生苗占用的土地空间，使单位面积定植株数大幅度增加，降低树体高度，缩短育种周期，使童程测量更准确。