本发明公开了一种纳米零价铁协同细菌修复砷污染土壤的方法。该方法选取恶臭假单胞菌Pseudomonas putida strain MnB1（ATCC 23483），将该菌在富集培养基中富集培养，然后将该菌株接种到含有二价锰的培养基中培养得到活性代谢产物，然后将活性代谢产物与绿色合成的纳米零价铁加入到砷污染土壤中，搅拌均匀，让这些活性锰氧化物、零价铁与土壤中的三价砷或五价砷发生一系列物理‑化学反应，有效固定土壤中的砷。该方法具有修复时间短、效率高、效果稳定、处理范围大、无二次污染等优势。