本发明属于生物防治技术领域，具体涉及一种用于防止壳菜附着的复合涂料及其制备方法和应用。本发明提供了一种用于防止壳菜附着的复合涂料，包括山葵汁和基础漆料。本发明中山葵汁对壳菜具有刺激作用，可有效防治壳菜附着于水工建筑、管道、拦污栅等结构表面；基础漆料不仅对待附着物有防腐作用，而且能够有效融合山葵汁，使具有刺激作用的山葵汁稳定存在于复合涂料中，保证防止壳菜附着的作用的稳定发挥。本发明在不杀灭壳菜的基础上，还能有效抑制壳菜的附着，不仅保持了水生物多样性，还有效解决壳菜附着带来的负面影响。