本发明提供了一种利用微生物矿化制备不同晶型碳酸钙的方法，将培养完成后洗涤重悬的菌悬液以一定比例接种到含有钙盐和尿素的混合液中，静置并控制不同矿化反应条件进行矿化反应，反应完成后取出沉淀物质进行洗涤与烘干，即可获得不同晶型的碳酸钙制品，其中所述微生物为脲酶高产菌株巴氏芽孢八叠球菌。本发明利用微生物矿化制备不同晶型碳酸钙，其中所利用的微生物资源丰富，酶催化反应高效，生产工艺简单，成本低廉，通过控制矿化反应条件获得具有不同稳定性及结构致密性的不同晶型的碳酸钙样品，提高了碳酸钙的应用效果，使碳酸钙更广泛的应用于许多领域中。