本申请公开了一种后桩法导管架水下灌浆管线系统及灌浆封堵方法，管线系统包括主灌浆管，备用灌浆管、封底灌浆管和环形封堵器，主灌浆管、备用灌浆管以及封底灌浆管穿过导管架的外侧壁面并与环形空间连通设置，环形封堵器环形设置在导管架的底部内侧，并与封底灌浆管连通设置。灌浆封堵方法，通过封底灌浆管泵送灌浆料将封堵器中的橡胶囊填充鼓起，待浆料硬化；通过主灌浆管向环形空间内灌浆；当环形空间的水从高于海平面的第二备用灌浆口完全流出后，关闭该备用灌浆管口上面的阀门继续灌浆，直至灌浆结束。与现有技术相比，本申请灌浆管线系统加工方便且灌浆方法简单，提高了灌浆效率和灌浆质量，保证导管架水下灌浆成功率和水下灌浆质量。