本发明涉及生物防治技术领域，具体涉及一株贝莱斯芽孢杆菌L1-21及其防治柑橘黄龙病应用。所述一株贝莱斯芽孢杆菌L1-21保藏在中国微生物菌种保藏委员会普通微生物中心，保藏编号为：CGMCC NO.15726，分类命名为：贝莱斯芽孢杆菌L1-21(Bacillus velezensis L1-21)。本发明的贝莱斯芽孢杆菌L1-21，具有抗逆性强、营养简单、繁殖速度快，有效活菌数量高、性能稳定，储存期长等优势。贝莱斯芽孢杆菌L1-21能够防治植物病害源于其能够产生多种抗菌物质，包括脂肽类、聚酮类等多种化合物，这些抗菌物质能抑制病原真菌、细菌的正常生长，杀死病原真菌和细菌，起到防治黄龙病的效果。