本发明公开了一种对高压三相电能计量同步采样的方法及系统，属于高压电能计量领域。本发明方法包括：确定高压三相线电压AB相过零点TA为高压三相线电压A元的采样起始点，高压三相线电压CB相过零点TC为高压三相线电压C元的采样起始点；确定高压三相电压线频率f的倒数作为采样周期T；确定高压三相线电压A元数据同步起始点为TA和高压三相相电压C元数据同步起始点为TC+T/6，对高压三相电能计量同步采样。本发明解决二元法分体结构高压三相电能计量装置采样同步的问题。