本发明涉及金针菇瓶栽设备技术领域，具体是防杂菌感染搔菌装置及搔菌方法。防杂菌感染搔菌装置包括机架、间歇拨瓶总成、搔菌总成、瓶口灭菌总成和出瓶输送机；间歇拨瓶总成包括托盘、槽轮机构、拨瓶器和拨瓶器驱动电机；搔菌总成、瓶口灭菌总成和出瓶输送机沿托盘的周向依次间隔设置；搔菌总成包括升降支架、升降气缸、翻转箕、摆动气缸、搔菌刀、搔菌刀驱动电机、搔菌刀灭菌酒精灯、老菌皮回收输送机和栽培瓶限位板；瓶口灭菌总成包括凸轮、凸轮驱动电机和瓶口灭菌酒精灯。本发明的防杂菌感染搔菌装置能够自动对搔菌刀进行高温灭菌，从而防止杂菌感染。