本发明涉及一种变电站谐波源定位方法与系统，包括：采用傅里叶算法对支路的电压电流信号进行计算，得到所述支路各次谐波的电压和电流的幅值及相角，基于所述各次谐波的电压和电流的幅值和相角，计算所述支路的各间隔内各次谐波的有功功率和无功功率，基于所述各次谐波的有功功率和无功功率确定所述谐波的谐波源。本发明涉及一种变电站谐波源定位方法与系统，解决了传统电网谐波源定位理论性强，不便于实际工程应用和具体定位时又涉及监测设备配置复杂，不便于工程化的问题。